Posteriormente desde el 14 de mayo de 2000 cuando le gana por 4:3, transcurrieron seis años de sequía para Millonarios en los cuales no vio ningún triunfo frente a Atlético Nacional. Pasaron nueve años (desde su triunfo 1:2 en la Copa Merconorte de 1998) para que el conjunto azul derrotara a Atlético Nacional en Medellín. Fue el 5 de septiembre de 2007 con marcador de 2-3, en juego válido por la Copa Sudamericana.