Tras la estructuración del fútbol de salón por parte de la FIFA en 1995, Peñarol comenzó a competir en los campeonatos oficiales organizados por la AUF. La rama de ciclismo de Peñarol ha participado de la Vuelta Ciclista del Uruguay desde que ésta se comenzara a correr en 1939. En sus primeras actuaciones el club realizó buenas presentaciones. La primera consagración de un ciclista bajo la camiseta de Peñarol ocurrió en la 9.ª edición, en 1952, cuando Dante Sudatti finalizó primero con un tiempo de 48 horas 38 minutos y 38 segundos.